长背疮的马胆怯，有弊病的人心虚。
——蒙古族谚语
1402年7月17日，朱棣废除了建文年号，将建文4年改称洪武35年，自己正式登上了大明王朝的皇位，成为永乐皇帝，执掌国家的最高权力。从年号来看，他不是继承侄儿朱允炆的帝位，而是继承了父皇明太祖朱元璋。
朱棣听从了得力的干将巩家禄的建议，在政治管理上实行了“五个一律”：一律恢复由建文年间改动的太祖皇帝制定的成法和官制一律恢复建文年间贬斥的官员职务；一律取消建文年间的各项改革；一律废除建文年间制定的与太祖相悖的各项法律规定。他想以此来表明自己起兵的目的在于恢复祖训，在法律上具有正当性和法统性。
也许是结怨太深，也许是压力的爆发，朱棣推行的残酷诛戮、妄引株连的做法，有如瓜蔓一样伸延，因此被人们称作瓜蔓抄。
旧臣元老史景清对朱棣抢夺大位心怀不满，在上朝的时候企图行刺朱棣，被眼疾手快的马和冲上去制服了。
朱棣大为震怒，下令灭杀史景清的九族，铲平了他的祖坟，又追查到他的原籍，互相攀扯，致使全村的人都被株连杀害。村庄也化为了废墟。
朱棣为了巩固自己的权力，加强社会管理和经济建设，采取了一系列政治和经济措施。
他下令马和带人搜查建文帝的旧朝大臣齐泰、黄子澄等50余人，实行彻头彻尾的改朝换代；重建被朱允炆焚毁的奉天殿；重刻玉玺；封自己最喜爱的王妃徐氏为皇后；重视监察机构的作用，设立分遣御史巡行天下的制度，鼓励官吏互相告密；利用宦官出使、专征、监军、分镇等刺探大臣和老百姓的秘密；设置镇守内臣和东厂衙门，恢复朱元璋废除的锦衣卫；完善文官制度，选拔资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废除中书省后行政机构的空缺，逐渐形成了内阁制度的雏形；利用科举制和编修书籍等笼络地主、士人，宣扬儒家的思想，改变了大明初期过分抬高佛教和道教做法，选择官吏力求因才而用；注意恢复与发展社会经济，认为“家给人足”、“斯民小康”是天下治平的根本；大力发展和完善军事屯田制度和盐商开中则例，保证军粮和边饷的供给；治水江南，疏浚吴淞；在中原各地鼓励垦种荒闲田土，实行迁民宽乡、督民耕作等方法促进生产；注意蠲（juan）免赈济等措施，防止农民破产，保证了赋役征派，为当时的政治、经济、军事、文化等方面发展奠定了思想和组织基础。
通过这些举措，永乐时期国家的财政收入达到了大明的最高峰。
朱棣对威胁到自己地位的皇家子弟用权威严。永乐初年，他先后恢复了周王、齐王、代王和岷王的旧封。当自己的皇位比较巩固了，他又将诸王废为庶人，或者发配到边疆地区。
他把建文帝的3个弟弟降为郡王，还将其中的2人废为庶人，禁锢在凤阳，只留下一个给朱标奉祀。
1403年8月，朱棣下令解缙、姚广孝、王景和邹辑等人修纂大型类书，编成了《文献大成》，即后世称为《永乐大典》。《永乐大典》是中国古代编纂的一部大型类书，收录入的图书均未删改，是中华民族珍贵的文化遗产，是中国古代最大的百科全书，也是当时世界上最大的百科全书，比18世纪中叶出版的《大英百科全书》和《法国百科全书》要早300多年。
随着国家大局的基本稳定，朱棣高悬的心稍稍放了下来。1404年正月初一，朱棣以赐姓授职的方式表达了他对有功之臣的封赏与恩宠。
他赐予最得力的干将马和为郑姓，同时，将郑和升迁为内官监太监，相当于正四品官员，史称三宝太监。
他还将巩家禄升为管理国防事务的大将，为自己的帝业保驾护航。
朱棣虽然为建文帝朱允炆举行了规模宏大的国葬，但是，民间却一直传说建文帝的下落不明。有人说建文帝从皇宫的地道逃出了应天府，在云南和贵州一带化为僧侣隐藏。有的人说建文帝乘船逃到了西洋海外。
朱棣因为是夺取建文帝的皇位上位的，心里总是罩着一片不合法的阴云，生怕建文帝伙同旧的势力卷土重来。为了消除心头这个重大的疑点，他专门派出了一路人马密访江浙、云贵一带，但是，没有打探到建文帝的下落。
他和巩家禄一起思考了很久，终于想出了一个好办法。他对外宣称派遣郑和出访西洋各国，实际上是去搜寻建文帝的踪迹。
当时，大明王朝以婆罗洲（今天的文莱）为界线，婆罗以东称为东洋，婆罗以西称为西洋。
朱棣之所以选择郑和率领船队下西洋，是因为郑和懂得兵法，又有谋略，而且英勇善战，具有军事指挥才能。郑和的少年时代就在军队中服役，后来转入燕王府侍候朱棣。郑和成年以后经受了战火的考验，跟着朱棣参加靖难之役，转战南北，出生入死，经历过数次重大的战役，具有丰富的实战经验。
朱棣授予郑和钦差总兵太监军衔，将20000多名官兵交给他全权指挥。
巩家禄为了锻炼刚刚年满15岁的儿子巩成祥，把他送到郑和的远洋船队中，希望老朋友能够培养自己的儿子。
郑和看着巩成祥皮肤白净，浓眉大眼，长相颇似回回人，心中十分喜欢，便把他留在身边做了贴身侍卫。
1405年7月11日，巩成祥跟随大明王朝的正使郑和和副使王景弘，乘坐62艘138米长、56米宽的大船，满载官校、旗军、勇士、力士、通士、民稍、买办、
书手、太监、教谕、阴阳官、医官、医士、官员和士兵等28000余人，从苏州的刘家港（即今天的太仓港）出发，沿着东海西岸航行到了福建。
巩成祥和船队在福建操练了大半年，再从福州闽江的五虎门扬帆出海。他们首先到达南海西岸的占城(今天越南中南部)，然后借着风向朝爪哇岛的方向航行。
1406年6月30日，在今天印度尼亚的爪哇岛海域，来自大明王朝的远洋船队浩浩荡荡地驶向港口。郑和的船队在爪哇的海滨城市（今印度尼西亚的三宝垄）登陆。
巩成祥跟随船队的最高长官郑和健步走出船舱，与爪哇的国王亲切会面，与当地的人民进行贸易活动。
巩成祥一下子出了个远门，做梦一般地来到了西洋。异域的自然风光和风土人情令他大开眼界，他高兴得不得了。
郑和慈祥地对巩成祥说道：“你和商队的水员一起去转转吧，趁机游览一下爪哇国的秀丽景色。”
巩成祥一听到郑和的这句话，拔腿就要去追已经出发的水员，但是，他转念一想又没有抬起脚来。
巩成祥认真地对郑和说道：“郑大人，我的职责就是保卫您。您到哪里我就到哪里！”
郑和看到这个孩子十分懂事，高兴地说道：“好吧。我一会带你去他们的王宫看一看。”
当时正值东爪哇和西爪哇发生内战，大明的官兵和商人不知道具体情况，下船以后就直奔东爪哇去做生意。
不料，西爪哇的军队突然冲了入了东爪哇的国土，不由分说地杀死了正在市场上交易的人们，其中也包括郑和手下的170多个士兵。
郑和闻讯大怒，立即调遣军队准备攻打西爪哇。
西爪哇的国王知道自己的士兵误杀了大明帝国的使者和商人，吓得胆战心惊、叫苦不迭，赶紧带上60000两黄金，跑来亲自敬献给郑和，作为死难士兵的补偿。
郑和的脸色铁青，两道浓黑的眉毛倒立着。他强忍着失去几百个士兵的悲愤，严正地谴责西爪哇的国王，命令他专门辟出一块好地皮，为死难者举行隆重的葬礼，弥补鲁莽愚蠢造成的后果。
西爪哇国王不敢拖延，立刻一一照办才算平息了事端。从此以后，西爪哇国年年都派使者到大明朝贡，态度非常谦卑。
巩成祥看着一排排死难者的坟墓，不禁暗自感叹道：幸亏没有跟随商队到东爪哇去，否则自己早就上了西天。
处理好善后事宜以后，郑和指挥船队离开了爪哇，来到了三佛齐旧港（今天印度尼西亚的苏门答腊）。
当地的广东侨民领袖施进卿闻讯前来向郑和禀报：“海盗陈祖义凶狠暴虐，危害乡里，请求郑大人务必为民除害。”
郑和一听到海盗二字怒不可遏，立即派人前去招降陈祖义。
陈祖义耍了个花招，表面上假装答应投降，背地里却谋划着抢劫郑和的船队。
郑和发现陈祖义不是真心投降，悄悄地命令部下做好迎战的准备。
当陈祖义率领海盗贸然进攻的时候，郑和指挥主力部队穷追猛打，剿灭5000多人贼党，烧毁了10艘贼船，俘获5艘贼船，活捉了陈祖义等海盗头子
，给他们带上刑具枷锁，关在船上劳动改造，为南洋诸国除去了一大祸患，打通了各国之间贸易的通道。
当地的华侨纷纷涌到港口，热烈欢迎来自祖国的亲人，感谢大明军队为人民除暴安良。他们为船队送来了当地出产的稻米、水果和蔬菜等日用品。
郑和率领船队继续在茫茫的大海上西行。
巩成祥经常看到郑和忙完了工作部署以后，一个人坐在船舱的窗户边，默默不语地望着辽阔无垠的大海。
巩成祥以前听父亲讲过郑和的不幸家史，心中替这位杰出的人才遭受的磨难感到惋惜和不平。他从来不敢在郑和的面前提到这些，假装自己什么也不知道。
他看着郑和孤寂落寞的样子，猜想他的心里一定非常苦涩吧。他是在思念亡故的家人，还是在怀念四季如春的昆阳？或许都不是。
郑和的船队经过苏门答腊，依次到达了满刺加（今天印尼、马来西亚、新加坡的马六甲）、锡兰（今天的斯里兰卡）和古里（今天印度的卡利卡特)等国家。
船队每到一处，郑和都要拜见当地国家的国王，献上大明皇帝赠送的华丽丝绸、苏州的刺绣、景德镇的青花瓷器等，详细地阐述大明的普惠政策，宣传国家的美丽景色和灿烂辉煌的文化历史。
他私下里派遣化妆成商人的官兵借着经商的名义，到处打探建文帝的下落。
郑和肩负着宣示国家形象的重任。他与外国的国王和官员打交道，态度不卑不亢，做事有礼有节，说起话来侃侃而谈，受到了各国的热情欢迎和尊敬。
每当这个时候，巩成祥总是坐在一旁出神地想着：郑大人作为太监真是太可惜了。他的才学足足可以担当朝廷的一个大臣，就是当个丞相也绰绰有余。
在印度洋的沿海王国古里，郑和代表大明王朝赐给古里国王诰命的银印，还那里修建了一座中式的碑亭，在一块石碑上刻上了“去大明十万余里，民物咸若，熙嗥同风，刻石于兹，永示万世”。
1407年10月2日，郑和率领船队安全地回到应天府。他向永乐帝朱棣密报了周游列国的详细情况，还把海盗陈祖义等人交给了朝廷。
朱棣非常高兴，广泛奖赏擒贼有功的将士，赐封施进卿为旧港宣慰使，下令将陈祖义等罪犯斩首。
巩成祥欢天喜地地回到了应天府的家中，看望差不多两年未曾见面的家人，向他们绘声绘色地讲述西洋各国的奇闻异事，逗得大家十分开心。