朱平槿前世的哲学，最重要的论述便是抓主要矛盾。对于朱平槿这样的领导来说，就是不能所有问题一把抓，而要抓住事关全局的核心要害。朱平槿解决了枪杆子由谁掌握的问题，军改的其他难题便迎刃而解。
廖大亨在他的奏疏中，简明扼要地列出了军事改革的主要内容：
设立保成都、重庆、保宁、泸州四个旅级军区，分别指挥川西、川东、川北和川南四个方向的作战。四川都司罗大爵、川北副将刘镇藩、署泸州判官贺有义，加上已经任命的宋振宗，分任川西、川北、川南和川东四个军区的司令。
四川都司所辖十二卫十一所已经完全倾废，一律革除。边卫实土卫实行文武分治，设立州县和守备团、营。卫所军官，将根据上级需求和本人自愿进行双向选择，或改为文官，或改入护国军。病老身残才疏无法胜任者，准致仕以子孙袭替。
那些被淘汰的卫所军官中有世职的，作为对他们祖先功绩的补偿，四川官府将根据世职高低，设立一个特殊的投资基金。他们的子孙，可以在这个基金里不干事只拿钱整整一百年。
没有世职的下级军官和士兵，汏劣存优补入护国军，享受护国军的军饷待遇。淘汰的，一律除籍为民。
卫所武官包括营兵将领，将领家丁，愿入护国军者，参照朝廷“在营家丁”例，准许加入护国军，与护国军相同待遇。
卫所城池，部分改为州城、县城，部分留作军事要塞；军田房舍土地，除留作军用的以外，一律移交地方官府作为官产官田。
各地自建的团练兵，在护国军守备团、营成立后，准以自愿的原则加入护国军，其余一同裁撤。
四川行都司的五卫八所和各土司的军队，关系到边陲稳定，暂时不动。
为了加快军改节奏，妥善安置淘汰下来的官兵，廖大亨特别建议成立一个专门的机构，名叫“军改善后衙门”，由马乾负责，专门负责官军改编善后事宜，并负责军地联动协调。
……
官军的主力——营兵，当然是这次军事整编的重头戏。
川北大胜，参战将领们的功照请，官照升。但他们的部队，依旧纳入整编范畴。刘镇藩、丁显爵、张奏凯、涂龙四员副将凭战功升正旅。
刘镇藩部人数最多，改编为护国军第十一团团部和四个步兵营、一个骑兵营；
丁显爵部改编为护国军第十二团团部和两个营；
张奏凯率部取得渔溪大捷，升任保宁军区副司令，所部改编为护国军两个营；
涂龙同样升任保宁军区副司令，所部改编为护国军通江县守备营。
参将王祥击敌不备，夺取巴山咽喉巴州，大败围城土暴子，并击毙土酋闯食王，立下了巴山之战的头功，破格提拔为正旅级，并升任保宁军区副司令。但其所部不足一千五百人，因此所部改编为护国军第十三团团部和两个营；
参将贾登联率部在铜城寨浴血奋战，升为副旅级，所部改编为护国军第十四团团部和四个营；
游击将军杨展奇袭南江，并解通江之围，升为正团级，所部改编为护国军第十五团团部和三个营；
游击将军侯天锡协助刘镇藩全歼土暴子陈琳部，升为正团级，所部改编为护国军骑兵第四团团部和两个骑兵营。守备侯应起单人匹马说服王朝阳部投降，并有歼敌之功，升副团级警卫骑兵营长；
松潘副将朱化龙屏边有功，升副旅级，所部营兵及茂州卫、松潘卫、叠溪所改编为护国军骑兵第五团团部和两个骑兵营以及茂威、松潘两个守备团。
白水关副将龙辅皇，龙安参将邓若禹等人屏边有功，升副旅、正团，所部改编为白水关守备营和龙安守备团。
马湖参将郭成达及叙南卫、太平营诸将，俱有升赏，所部改编为叙州、马湖两个守备团和太平守备营。
川北总兵甘良臣，赏罚不行、威信不著，酿成王朝阳部叛乱。念其久历戎行，屡有积劳，着免去川北总兵之职，改任正旅级参军兼大（竹）、邻（水）、华蓥守备团团长（注一）。他留在广元、朝天关的部队与利州卫的战兵，合编为利州守备团。
除了官军营兵，原护国军的部队也需要整编或调编。
各护庄总队和大队就地改编为各地的守备团和守备营。
最令其主子头痛的贪吃蛇冯如虎部已经疯狂扩编至近万人，整编为护国军第八团和达州守备团及各县守备营。
进驻荆楚的干部团一部整编为护国军第九、第十团。
天全土司骑兵第二营和董卜土司骑兵第三营分别扩编为骑兵第二、第三团。高君锡、姜奇峰所率天全骑兵分别编入这两个团。
骑兵第一营缺兵少马，暂时解散为护国军各步兵团的队属骑兵连以及直属总参训练部的骑兵教导连。
……
宗藩典兵、解散卫所和整编营兵，已经是将大明皇朝的天戳了一个窟窿。
然而孤注一掷的廖大亨尤不罢手。在他的奏疏中，还提出了两个重要的军事改革内容，一是废除“以文御武”，实行“集体领导”；二是废除兵民区别，实行“全民皆兵”。
这分明是石破天惊的味道！
大明按照“以文御武”的体制，逐渐形成了兵部——总督——巡抚（兵备副使）——兵备道——地方府、州、县等一整套的文官军事指挥体系。
四川总督一般由秦楚总督兼领，四川主兵、客兵的实际领兵权都在四川巡抚手中。
四川巡抚之下，有四川兵备副使为贰。
四川兵备副使之下，有安绵、重庆、夔州、叙马、建昌、威茂、松潘、分巡上南道共计八个兵备佥事，又称兵备道。
兵备道之下，则是各府州县的亲民官。虽然亲民官对地方驻军没有法律上的指挥权，但是在“以文御武”的体制下，对那些“粗鄙无文、不知忠义”的厮杀汉，文官毫无疑问具有绝对的领导地位。
蜀世子朱平槿横空出世后，四川巡抚廖大亨从勾结到投靠。四川兵备副使陈士奇拉稀跑肚子廋死狱中，尸身臭不可闻。听话的川东兵备马乾升署四川兵备副使。
八个兵备道，刘士斗署了建昌兵备，松潘道黄谏卿死在泸州城，上南道胡恒几颗官印一齐揣了，安绵兵备病死于剑州，叙马兵备早已告老还乡。最惨的是威茂兵备，他深度卷入了陈士奇案件，被廖大亨下令拿了，命若游丝。
鉴于营兵卫所编入护国军，于是廖大亨趁机建议逐步废除兵备副使、兵备道领兵的制度，撤销兵备、清军等文官领兵监军的衙门，继续依靠三总部指挥护国军，并参照蜀王府制度，在各地官府与当地驻军之间建立军政委员会，作为联系文武和集体决策的机构；在护国军连以上单位，建立监军制度，作为对军事主官的监督分权。
这实际上便彻底废除了“以文御武”的体制，并以蜀王府控制下的集体领导体制取而代之。
在集体领导体制下，文人与文官、武人与武职彻底分开。个人入仕道路的不同，只是授官的参考而已，不是终身的身份。文武官员平起平坐，仅有职责分工不同。文人也可以领兵，但前提是他必须有蜀王府赋予的军事指挥权。没有这种权力，文官无权插手军队的事情。武人也可以插手地方，前提是必须有上级认可的集体决议。这样一来，文武便进行了深度的整合。在集体领导的大框架内，既制衡又合作。
废除“以文御武”，廖大亨自己的领兵权也被废了。不甘自废武功廖大亨具有的丰富官场经验，立即提出了一个替代的方案，既可以使他不至于大权旁落，也可以使他登上权力之巅：那就是在蜀世子殿下之下，三总部之上，设立一个更高层级的指挥机构，辅佐日理万机的世子殿下。
朱平槿当然不会在政治交换的紧要当口与廖大亨讨价还价。善于创设新式机构的朱平槿当即插言，废除承运朝会之后设立的军机委员会，另在蜀王府设立军机处，作为自己的军事统御机构。
廖大亨、马乾、陈其赤、郑安民、曹三保、程翔凤、舒国平、孙洪、王昆山等九人为军机大臣，入值军机处。廖大亨以四川巡抚身份兼任首席军机。另外，再增补王府文案李长祥、张维、谭芳，抚台幕友孙定邦等人为军机秘书。
马乾的兵备副使已经没有多少实质内容，入值军机处，他便成为了军机处里唯一的专职军机。此外，马乾还管着官军的编遣善后大权，明眼人立即清楚，马大人简在世子之心，要大用了。
至于女人谭芳意外入值军机处，则是世子亲自提名，目的是保证罗姑娘能通过她的秘书随时掌握军事动态，保证军队用度不缀。
廖大亨奏疏中所谓的“全民皆兵”，即是洪其惠在承运朝会中提出的所谓现役、正役、预备役三级兵役制度的翻版。廖大亨在奏疏中正式提出这个制度，就是把全民义务兵役制由王庄扩展到了全省。
只是由于川北各地的人口损失明显大于预期，为了保证护国军的兵源充沛，廖大亨建议将“丁”的概念，明确为蜀地十五至四十岁的健康男子。现役由二十丁抽一改为十五丁抽一，正役和预备役抽丁比例维持不变。
廖大亨估算，这样全省可以维持现役常备军九至十万，经过训练的正役二十五万左右。如果再加上荆楚征集的新兵以及从行都司调来的军队，可以将常备军增加到十二万左右。此数虽较闯献流贼总数少得多，但只要士气高昂、装备精良、粮饷充沛，亦能战而胜之。
兵役制度中最重要的部分，不是哪些人应该服兵役，而是哪些人可以免除兵役，逃避兵役又当如何惩罚。
怕死是人的本能，没有深仇大恨，没有走投无路，没有严刑峻法，单是靠优厚的军饷待遇和光明的职业前景是不可能征召到足够兵源的。
成都府各县王庄是蜀王府的大本营，庄丁数十万。虽然蜀王府制定了很多富农裕民的政策措施，多次大声疾呼号召庄户们“保卫胜利果实”，但主动报名参加护商队的人始终不足，本乡本土入役还有钱粮补贴的护庄队却挤破了头。去年川北变乱，朱平槿以迅雷不及掩耳之势征召护庄队，这才把这些庄户从工地农田直接带入了战场。
蜀王府自己的庄丁尚且如此，那些富有的士绅阶层岂会心甘情愿与一群草标军户摸爬滚打吃糠咽菜还要拼命？
所以在廖大亨的奏疏中，确定了“自愿应募和强制征兵相结合”的兵役原则。先募后征，募之不齐，则以强征补足。没有免征资格却拒服兵役者，会受到严厉的惩处，甚至是以“临战逃脱”之罪杀头。
免役资格的划定也是难点。
勋贵官员和学生匠人在传统中是免役的，但蜀地的现实不允许这样，因为这两类人实在是太多了。
如蜀藩朱姓宗室，便有近万人之数。加上沾亲带故的，人数要放大十几倍；带武职的官员，亦有万人之多；至于秀才生员在校学生的人数就更多了，单是成都、华阳两首县，每县便有数百近千。
若是这些人全部免了，那全民兵役制度便徒为具文。有钱有势的人免役，还会在社会舆论和社会心理上造成灾难性的影响。穷人会想，闯贼献贼抢的都是你们朱家和官绅家，干我们屁事，凭什么要我们穷人为你们富人拼命？
因此廖大亨建议：免役之人，必须严格限定为在任之官、在学之士和在局之匠。除此之外的所有丁男，一律入役。若想免役，均需缴纳免役钱。其标准设定，就是三条人命的价钱！
在任之官、在学之士、在局之匠，都有定数。廖大亨的建议，都是事前经过朱平槿首肯的。唯有一项，廖大亨留给了朱平槿自己拿捏。
眼见世子将目光扫向自己，石泉老王连忙出列递上他的奏疏。在奏疏中，石泉老王认为朱平槿以蜀藩世子之尊尚且领兵杀敌，蜀地宗室同宗同脉，食禄国家，焉能坐视？
他建议，凡是献王的子孙，男子年十五以上四十以下，均应列入军籍，参与军事训练，听候蜀王府调遣。若有违反者，概以畏战弃国之罪剥夺爵位，革除宗禄，废除宗籍。凡申请免役之宗室，必须缴纳两倍于普通人的免役钱！
为了顺利推进兵役制度的施行，石泉老王还建议在总监军部下设立兵役司，并推荐南川王长子朱平欆（SHUANG）出任兵役司正使。
南川王朱至湘，万历四十五年袭封，是个老实巴交的干瘪半老头子。朱至湘的嫡长子少年夭折，朱平欆为朱至湘嫡二子，三十而立，不喜置产却喜读书，在蜀藩宗室中素有贤名。其长子妃尤氏，温淑贤德，情商很高，特别会灌鸡汤，甚得老妈喜欢，与老婆的关系也不错。尤氏还曾响应护国安民的号召，亲率宗眷宫人为护国军缝制战衣，是蜀地宗蕃中主动与蜀王府靠近的一支，尤其与老婆贴得紧。
朱平槿估计石泉老王推荐朱平欆，有老婆的意思，便用目光征求身边人的意见。可他在老婆脸上没见着反对，却见到了十万个大写的“不耐烦”。
准了！
朱平槿轻快地结束了廖大亨和石泉老王的奏报，点了刘之勃和陈其赤的名，让他们将修改过的《垦荒条例》草案赶紧报上来。听闻此言，罗雨虹扭动一下坐麻的屁股，捏起了拳头。
注一：甘良臣是邻水人。这个职务的安排有让他回乡养老的意思。